Idea fondării Facultății a aparținut unui grup de istorici, format din rectorul ULIM, profesorul și academicianul Andrei Galben; profesorul, doctor habilitat Gheorghe Postică și profesorul, doctor habilitat Pavel Parasca. Ea datează cu aproximativitate din momentul creării Universității Libere Internaționale din Moldova, dar a fost materializată ceva mai târziu, în anul 1997, odată cu emiterea de către rectorul ULIM, a ordinului de întemeiere a acesteia. Pentru că la acea vreme structura subdiviziunilor ULIM-iste viza existența departamentelor - echivalentul facultăților de astăzi, noua subdiviziune a fost denumită Departamentul Istorie şi Civilizaţie - prima denumire, de altfel, din două câte le-a avut actuala Facultate de Istorie și Relații Internaționale. La numai un an de la înființare, în 1998, conformându-se cerințelor pieței de muncă și solicitărilor potențialilor viitori studenți - care manifestau interes fie pentru domeniul istoriei, fie pentru cel al relațiilor internaționale - Departamentul Istorie şi Civilizaţie a devenit Departamentul Istorie și Relații Internaționale, transformat ulterior, în 2007, în Facultatea Istorie și Relații Internaționale.
Concomitent cu denumirea, facultatea și-a modificat de-a lungul anilor și propria-i structură, fiind - în prima perioadă de activitate - în căutarea unei formule potrivite a acesteia, atât în materie de număr de catedre, cât și de denumiri ale subdiviziunilor sale. Astfel în toți acești ani structura facultății a fost remodelată în câteva rânduri. Începându-și activitatea cu o catedră - cea de Arheologie și Istorie Antică, facultatea a experimentat ulterior varianta ramificării în două catedre, apoi în trei, ca până la urmă să se opteze pentru o bidimensionalitate structurală axată pe funcționalitatea a două catedre. Alternanța structurală a fost însoțită firesc și de o varietate de denumiri ale catedrelor la care s-a recurs în diverse segmente de timp, printre acestea fiind denumiri precum Arheologie şi Istorie Antică, de care pomeneam ceva mai sus; Istoria Românilor şi a Popoarelor Vecine; Istoria Românilor; Istorie Universală şi Relaţii Internaţionale; Istorie Contemporană şi Ştiinţe Politice etc. După câțiva ani de experimente și încercări, se pare că denumirile de astăzi ale celor două catedre - Istorie și respectiv Relații Internaționale și Politologie - sunt cele mai reușite, pentru că corespund întocmai principalelor specialități asupra cărora facultatea își centrează activitățile didactice și științifice și în domeniul cărora pregătește specialiști.